Bob l'éponge et ses amis de Bikini Bottom larguent les amarres pour leur plus grande aventure sur grand écran. Bien décidé à prouver à M. Krabs qu'il est désormais un grand garçon, Bob se lance sur les traces du légendaire Hollandais Volant, un redoutable pirate fantôme. Cap sur une épopée déjantée, entre fous rires, frissons et péripéties sous-marines, jusque dans les abysses les plus mystérieux de l'océan, là où aucune éponge n'a jamais osé plonger !